时间是《Memories Off 2nd》1年后，舞台是前作樱峰的邻市，千羽谷。

无疾而终的思绪…，又再一次鼓动

终于成为大学生的主人翁-加贺正午，因为嫌课程太闷太无聊，所以常常翘课到他最喜欢的’cubic cafe'(在当地是家喻户晓的咖啡屋)，和店长及三五好友一起度过的时间是最愉快的。在享受自由自在大学生活的同时，正午内心却有一种莫名的郁闷，那是因为几年前莫名消失的高中女友-黑须彼方。为什么，为什么没留下只字片语就突然消失了，许许多多的疑问盘旋在脑海久久不去，随着时间的流逝，不着痕迹的在心中留下伤痕。

千羽谷的夏天开始了，命运的齿轮在两人看不见的角落转动着，而新的故事也就此揭开序幕。透过咖啡屋的牵线，正午邂逅了许多令人心动的女孩，但是偶然中，彼方与正午也在这个咖啡屋重逢，新欢旧爱的魅力拔河下，着时让正午的心情慌乱不已，到底他该如何抉择。