莲美台学园的普通高中生男主角久住直树，因五年前的某场意外而失去了父母和记忆。

就在直树升入高二年级时，突然被从天而降的转学生天崎美琴砸中，平静如水的高中生活就此发生了转变……

在遥远的一百年后，肆虐全球的致命病毒使人类遭受了灭顶之灾。幸存者们为了避难和赢得研究治疗方法的时间，用超时空装置穿越到了现代。他们以莲美台学园为中心，一面融入教师、学生的角色，一面边进行着这项名为“圣地计划”（Operation Sanctuary）的拯救行动。