幼年時，主人公直枝理樹因雙親去世而陷入自閉。某日，在時常被痛苦所縈繞的少年面前出現了四個自稱「Little Busters（正義的夥伴）」的孩子們：棗恭介、棗鈴、井之原真人、宮澤謙吾，他們宣佈由於世界面臨巨大的危機，不得不藉助理樹的力量來對抗強敵。隨即，他們來到了近處的蜜蜂巢穴，與蜜蜂們展開了搏鬥，最終弄得渾身被蜇傷，又引起了火災，召喚來了救火車和無數大人……而後孩子們被校長狠狠地訓斥了一頓。但也由此，他們帶領著理樹走到了外面的世界。雖然理樹經常被捲入他們所造成的騷動，卻也漸漸忘記了自己的寂寞和傷痛。

「Little Busters」不停的嘗試各種新活動，經歷了許許多多成敗。雖然像傻瓜一樣盡做蠢事，但卻過得非常快樂。

理樹也渴望著「這樣的時光能永遠延續下去就好了」。

長大後五人一同進了全宿制高中。如今已是二年級生的他們，依然過著快樂而溫馨的每一天。某日，三年級的恭介提議組建棒球隊。在恭介的提案下，為了湊夠人數大家開始尋找隊員。

隨後，理樹和鈴在一隻名為列儂的貓身上找到一張紙條，上面寫著這樣的訊息：請找出這個世界的秘密……